Mit diesem Programm findet das eige­ntliche Fahren sowie das Erstellen der Fahrpläne statt. Es lässt sich zwischen Vollbild­- und Fenstermodus wählen. Die Funktionalität lässt sich im Demoprogramm erleben. Dabei ist lediglich die Auswahl der Streck­e, Züge und Fahrpläne nicht möglich, der Rest entspricht der Vollversion 2.3. Mit Version 2.4 erhielten effizientere Grafikmethoden für Führerstand und Landschaft Einzug, so dass diese bei unveränderter Optik wesentlich performanter läuft.  Eine Demo gibt es für 2.4 allerdings nicht.

Das Sicherungssystem Sifa (Sicherheitsfahrschaltung, "Totmannschalter") ist in drei Versionen (Zeit-Zeit-, Zeit-Weg-Sifa und Sifa86) und auch diverse PZB-Systeme (Indusi H54, I54, I60, I60R, PZ80, PZB90, PZ80R, Integra-Signum) sowie die Linienzugbeeinflussung LZB80/I80 und ZUB122 für Neigetechnik-Züge sind detailliert nachgebildet.

Züge können individuell zusammengestellt und in Fahrplanszenarios abgespeichert werden. Beim Start der Simulation wird der manuelle zu fahrende Zug aus der Liste aller Züge gewählt. Jederzeit kann auf Autopilot umgestellt werden; das Programm übernimmt dann die Steuerung des eigenen Zuges. Außerdem kann der Blickpunkt jederzeit an streckenfeste Punkte (z. B. Stellwerke) oder auch in eine Hubschrauberperspektive gesetzt werden, die den eigenen Zug begleitet. Bei Zusi 2 sind alle Züge des Fahrplanszenarios vollwertige Züge und werden von den Fahrdienstleiter-Routinen mit wählbarem Zufälligkeitswerten über die Strecke geschickt. Die benutzten Fahrwege werden dynamisch während der Simulation je nach Fahrplanvorgaben und aktueller Gleisverfügbarkeit festgelegt, wodurch sich jedesmal andere Situationen ergeben (können). Der selbst gefahrene Zug kann auch während der laufenden Simulation beliebig oft gewechselt werden.

Für den leichteren Einstieg gibt es einen Anfänger- und einen Fortgeschrittenen-Modus, bei denen die größten "Fallen" deaktivert sind (z.B. restriktiver PZB90-Modus, Nullstellungszwänge, Fahren auf Ersatzsignal/Befehl usw.)

Züge können an Unterwegshalten die Fahrtrichtung und auch die Fahrzeugzusammenstellung ändern. Dabei wird automatisch die Beleuchtung mit Front-/Schlußlampen angepaßt und der neue Führerstand geladen.

Ein "Schummelfenster" gibt auf Wunsch zusätzliche Informationen, die der echte Lokführer nicht hat, wie die momentan zulässige Höchstgeschwindigkeit, Entfernung zur nächsten Geschwindigkeitsbeschränkung, genauer Grund im Falle einer Zwangsbremsung usw.

Eine Zeitraffertaste kann langweilige Streckenabschnitte oder Standzeiten verkürzen.

Mit bis zu ca. 30 verschiedenen Klängen pro Lok wird vom Bremsenquietschen über Weichenschlag, Tunneldurchfahrt bis zu den Tönen/Sprachausgaben der Sicherungssysteme ein realistischer Sound geboten.­

Verschiedene Bremssysteme sind nachgebildet (indirekte Luftdruckbremse, Zusatzbremse, dynamische Bremse, Magnetschienenbremse). Die Steuerventile können ein- und mehrlösig ausgeführt sein, es stehen die Bremstelungen R, P, G, P+Mg und R+Mg zur Verfügung.
Tag und Nacht sowie Nebel wird automatisch eingestellt, kann aber auch stufenlos manuell angepaßt werden.

Die Bildwiederholfrequenz kann auch niedriger eingestellt werden, so daß noch genug CPU-Leistung für andere Windows-Applikationen bleibt, die vielleicht zeitgleich betrieben werden sollen.